2004年1月，按照福州市委市政府的部署，原福州商业学校整体并入福州职业技术学院（过渡期三年），组建福州职业技术学院商贸系，商贸系正式挂牌成立。庄晓钟同志任商贸系党支部书记、副主任，全面负责商贸系工作。
2004年9月，商贸系成功申报高职高专市场营销专业。
2005年9月，商贸系正式招收高职高专学生，招收二个专业：市场营销专业（二年制、三年制）、电子商务专业（二年制），学生数128人。
2005年9月，商贸系成功申报高职高专国际商务专业。
2006年9月，商贸系正式招收国际商务专业学生，商贸系停办电子商务专业。
2008年8月，商贸系市场营销专业被评为福建省精品专业，福建省首批示范性高职院校建设项目重点建设专业。
2008年9月，商贸系申报客户服务与管理专业，通过福建省高等学校专业设置评审工作会议评议，报教育部审批。
2008年10月，陆芳同志任商贸系副主任。
2009年9月，商贸系正式招收市场营销专业（客户服务与管理方向）学生。
2009年5月，牵头成立福建省高职市场营销专业协作会，并成为会长单位。
2010年1月，《市场信息收集与分析》、《市场营销理论与实务》被评为院级精品课程。
2010年5月，陈宝龙同志任商贸系党总支副书记（主持工作），段维龙同志任商贸系副主任（主持工作）。
2010年9月，商贸系成功申报高职高专商务管理专业。
2011年6月，按照学院专业结构调整部署，电子商务专业和物流管理专业并入商贸系，专业老师一并调入商贸系，商贸系教职工数增至32人，学生数931人。
2011年7月，陆芳副教授被评为省级教学名师，《营销策划》被评为省级精品课程，市场营销专业教学团队被评为省级教学团队。
2011年11月，参加福州市商贸行业协会并成为副会长单位。
2012年1月，市场营销专业顺利通过福建省首批示范性高职院校建设项目重点建设专业验收。
2012年5月，商贸系在学院就业工作考评中获得第一名，实现三连冠。
2012年9月，商贸系正式招收商务管理专业学生。
16. 2012年11月，商贸系在学院第九届运动会获得团体总分第一名，实现两连冠。
2012年12月，闫丹文同志任商贸系副主任（主持工作）。
2013年5月，《市场信息收集与分析》、《商品推销》、《营销项目策划》、《销售管理》、《营销团队建设与管理》通过验收，成为院级优质核心课程
2013年6月，市场营销专业被确定为福建省高职示范专业。
2013年6月，徐楠同学获得2014年福建省职业院校技能大赛汽车营销竞赛二等奖及全国高职院校技能大赛汽车营销竞赛三等奖。
2013年7月，市场营销专业与福建金科网络科技有限公司合作共建“启商金贸呼叫中心”，迈出商贸系生产性实训教学改革的第一步。
2013年7月，市场营销、电子商务专业承接学院暑期招生咨询热线、网络推广工作，开始专业服务学院建设的有益探索。
2014年4月，物流管理专业在福建省技能大赛获得一等奖，实现省赛项目一等奖的突破。
2014年5月，张瑜、罗圣洁、金婉仪、陈思国、张熙晨5位同学组成的团队获2014年福建省职业院校技能大赛市场营销技能竞赛二等奖
2014年4月，商贸系在学院“红五月”歌咏比赛中夺得第一名，实现三连冠。
2014年7月，电子商务、物流管理专业在福建省电子商务协会、福建省中小企业商会的大力支持下，与福州都购贸易有限公司合作，共建启商电商服务中心、启商物流配送中心，商贸系“启商生产性实训基地”初具规模。
2014年9月，商贸系启动专业核心课程聘请行业能工巧匠开展校企合作课程教学探索。
2014年11月，电子商务专业带头人谢群斌副教授，入选全国电子商务行业教学指导委员会委员。
2015年4月，福建省人大陈桦副主任、省政协副主席陈绍军莅临启商生产性实训基地考察指导。
2015年5月，在学院支持下，物流管理专业整合快递入校业务，开展“校园快递”生产性实训探索。
2015年6月，电子商务专业带头人谢群斌副教授，入选省级专业带头人。
2015年6月，商贸系在学院“文明班级特色品牌”项目中连续两年获得第一名。
2015年7月，电子商务专业代表福建省参加全国技能大赛，获得二等奖，实现商贸系国赛项目获奖的突破。
2015年9月，物流管理专业被确定为福建省高职示范专业。
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